La colección de arte colonial es una de las más valiosas, diversas y extensas del país. En su formación e investigación tuvo un rol protagónico Ángel Guido, destacado especialista en la historia de la arquitectura y del arte colonial. Este notable conjunto de piezas producidas con maestría por aborígenes y criollos sudamericanos entre los siglos XVII y XIX, incluye pintura, grabados e imaginería, mobiliario y platería de uso civil y religioso, libros, documentos y numismática. La mayoría de la pintura pertenece al siglo XVIII, tiene una alta representación la escuela cuzqueña, la más importante del continente por sus mecanismos de producción y circulación, la potosina con una obra de uno de sus mayores exponentes, Melchor Pérez de Holguín, y la producida en el área surandina definida por Guido como la escuela mestiza. La imaginería cubre desde tallas destinadas a los altares principales e imágenes procesionales, tanto de bulto como de vestir, hasta pequeñas imágenes destinadas al culto privado, de diversos espacios de producción como Ecuador, Perú, Brasil, norte de Argentina y de las Misiones Jesuíticas. 

 

Los retablos, dentro de la colección de mobiliario religioso y de platería, destacan a nuestro museo. El retablo donado por la Asociación Amigos del Museo en 1950, conformado por un tabernáculo de plata del siglo XVIII procedente del Puno y de un frontal de altar barroco del mismo siglo procedente de un convento franciscano de Lima posibilitó el inicio, por medio de adquisiciones y donaciones, de una amplia colección de platería religiosa del período virreinal. El retablo de madera policromada proveniente de una pequeña capilla de una hacienda potosina del siglo XVIII, es otra de las piezas que destacan la colección de mobiliario colonial, donde se encuentran representados todos los estilos como el altoperuano, el peruano, el luso-brasileño y el jesuítico de Paraguay.